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L'Istituto San Francesco di Sales di Catania fu voluto da don Bosco e la costruzione dell'Istìtuto San Francesco di Sales di Catania ebbe inizio un anno dopo la morte di don Bosco nel 1889.
Come auspicio gli si volle dare lo stesso nome che il Santo dei giovani aveva dato al suo primo Oratorio in Torìno.
Fu costruito su un terreno donato da un sacerdote catanese: il canonico Placido Piccione, che aveva lasciato anche dei beni a questo scopo.
Nel 1892 avvenne la inaugurazione alla presenza dell'arcivescovo di Catania, il card. Giuseppe Benedetto Dusmet, oggi Beato.

Cominciò ad accogliere ragazzi poveri e si attrezzarono dei piccoli laboratori per gli artigiani: sorse anche una scuola tipografica che pubblicò fra l'altro "L'Amico della Gioventù", un periodico per gli studenti che ebbe vita dal 1904 al 1949.
Sin dai primi anni  si vide, la necessità di accogliere, oltre gli artigiani. anche gli studenti del ginnasio (allora inferiore e superiore).
Con la guerra dei 1915-'18 l'istituto venne chiuso, perchè requisito come ospedale militare.
Col 1923 gli artigiani e i rispettivi laboratori si trasferirono gradualmente al Sacro Cuore della Barríera, offerto a noi dall'Arcìvescovo card. Francica Nava. Al San Francesco di Sales rimasero solo gli studenti interni, con una media di 200 all'anno. Furono gli anni dei periodo aureo con i leggendari direttori don Angeleri, don Scelsi, don Aidala, don Lo Giudice ...
Nell'anno 1933 -'34 si inizia una classe deì primo liceo classico con 10 alunni e si costruisce il Liceo Don Bosco in via Ingegnere che ospita gli allievi soltanto sino al 1943 ( oggi Ospedale San Luigi).
Nel maggio 1936 viene concessa la parifica dei Ginnasio e dei Liceo.
Sopravvenuta la seconda guerra mondiale, l'Istituto nel febbralo del '43, per timore delle incursioni aeree, si trasferisce a San Gregorio di Catania: i locali vengono occupati prima dai militari italiani e poi dagli Inglesi che vi installano un ospedale. 

Con l'ottobre del '45 si riapre il "San Francesco" e dà ospitalità anche agli studenti salesiani di teologia che iniziano l'opera benefica dei Ragazzi della strada chíamati poi Ragazzi don Bosco, che due anni dopo si trasferiscono all'Oratorio di Santa Maria della Salette.
Ritornata la normalità, si costruiscono le due ali dell'attuale Liceo e la Chiesa dedicata a San Giovanni Bosco.
Dal '60 in poi si edificano i locali dell'Oratorio, la cui attività era già cominciata alcuni anni prima negli ambienti dell"Istituto stesso. Intanto diminuendo il numero dei líceisti interni e dopo, anche quello del Ginnasio, l'Istituto si avvia a diventare solo esternato.
Col febbraio dei '76 sorge un'attívità collaterale, ma inserita nel tessuto della Casa: l'opera di prevenzione sociale e di assistenza per i Ragazzi Don Bosco, durata oltre un decennio.
L'anno 1985-'86 segna l'inizio dei Liceo Scientifico che riceverà negli anni seguenti il legale riconoscimento, ed infine l'Istituto nel 1990-'91 apre le porte alle ragazze, cominciando dalla Scuola Media.

Nel 1991, si volle festeggiare il primo centenario dell'Istituto: per iniziativa degli Ex Allievi una lapide marmorea posta sotto i portici ne ricorda l'avvenimento.